5日下午，哈尔滨工业大学给本报的独家回应中称，苗鑫确实在校内职称评聘和人才选聘材料填写过此类“论文”，但并未作为评聘和选聘依据。
方舟子在该文章中称，苗鑫在其个人简历的“近三年主要学术论文”中列了七篇发在英国《自然》（Nature）、一篇发在美国《科学》（Science）上的“论文”，查其原文，这些“论文”就是一两百字的豆腐块评论、读者来信。方舟子还举例介绍说，苗鑫刊登于《科学》上的论文《科学道德：年轻科学家们发声》，只有一百余字，是《科学》关于科学问题的读者来信选登，但苗鑫在他的教师个人信息页面上将其归为自己”近三年主要学术论文“放入简历。
方舟子还称，现在国内科技界讲究在国际学术期刊，尤其是高档次的国际学术期刊发论文，这些论文更是评职称、评院士和报成果的资本。而像苗鑫这种发高水平国际期刊论文的“速成方法”，国内早已有之，大致套路是给这些期刊写读者来信，评论该期刊新发表的某篇论文，或者反映中国的情况，登出来了，就相当于在该期刊发了论文。
中国青年报·中青在线记者检索核实，苗鑫近3年发布在《自然》上的七篇“论文”，均发在《自然》通信栏目，200字左右。2014年，苗鑫在《自然》通信栏目发表了题目为《教育：中国一般大学办学目标的调整》的232字通讯文章时，哈尔滨工业大学新闻网发表了题为《经管学院师生在<自然>发表通讯文章》一文予以报道，并且在网上可检索到的《哈尔滨工业大学管理学院2014年学院大事记》中，该院将这一文章的发表列为“学院科研工作再创佳绩”的6项成绩之一。
根据谷歌快照截图，在今年5月31日10:46，苗鑫在该校网站的教师信息个人页面上，上述“论文”仍注为“近三年主要学术论文”。但目前，他的个人页面将“近年主要文章”分为了“Article类型”（论文类型）的文章和“Letter类型”（通信类型）的文章。其中，方舟子点名指出的8篇发在《自然》和《科学》上的“论文”都被重新归类为“Letter类型”（通信类型）的文章。
苗鑫的教师信息个人页面上还提到，苗鑫为教授、博士生导师、英国牛津大学博士后、香江学者、哈尔滨工业大学青年拔尖人才选聘计划入选者，负责国家级与省部级科研项目10余项，发表文章40余篇，其中作为第一作者或通讯作者的SCI、SSCI文章20余篇。
5日下午，哈尔滨工业大学就此事向中国青年报独家做了书面回应，该回应称苗鑫在参与校内技术职务评聘和人才评选时，确有将该类“论文”与学术论文一并提交的情况，当时，评委们一致认为该类“论文”不能作为学术水平评价的依据，但并未影响“对他的科研潜力和科研成果给予了很高的评价”。据苗鑫的同事介绍，苗鑫本人除了这类“论文”，还有很多其他高水平学术论文。
在哈尔滨工业大学提供的一份关于苗鑫的《哈工大“青年拔尖人才选聘计划”同行评议表》中，“具体评价意见”一栏下提到“在苗鑫提出的学术贡献中，在nature和science上的发表估计可能属于评论性的东西，而不是研究论文，作为主要学术贡献的依据还是有些问题的。”但也提到了“从苗鑫的材料看，这是一个杰出的年轻学者，在风险及应用管理领域、在环境治理领域等承担了大量的研究课题……发表了很多中英文学术论文，是一个极具潜力的优秀学者，建议通过‘拔尖聘任计划’”。
哈尔滨工业大学提供的另一份《哈工大“青年拔尖人才选聘计划”同行评议表》中也写道对苗鑫类似的评价，“具有较大的科研发展潜力，成果也比较突出，建议对于‘自然’和‘科学’文章不要过分评价，因为政策性的文章并不能代表学术论文。”
哈尔滨工业大学还在给中国青年报的独家回应中称，“学校对每一位老师学术水平的认定都十分严格，任何企图浑水摸鱼、蒙混过关的行为都不会得逞。对于这类发表在国外著名学术期刊上的评论性文章和政策性文章，学校只将其看做一个教师社会责任意识的体现来参考，而不作为学术水平评价依据。”
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